A Coordenadoria de Recursos Humanos – CRH faz a coordenação da gestão de pessoas de um quadro aproximado de 55 mil Servidores além de processar documentação de interesse de outros sete mil Servidores inativos. Essa coordenação centralizada na sede da SES é complementada pelos setores de gestão de pessoas de cada unidade da Secretaria que atuam local e autonomamente submetidos à hierarquia das próprias unidades. Ela também orienta as políticas de recursos humanos da SES desenvolvendo mecanismos que permitem agilidade para os processos de seleção, admissão e avaliação dos Servidores; operacionaliza os instrumentos legais para a remuneração de pessoas (supervisiona a aplicação do plano de cargos, vencimentos e salários da SES) que, além da folha de pagamento normal também incorpora: prêmio de incentivo; pagamento por produtividade; remuneração por plantões. Também é a CRH que coordena a política de educação permanente em saúde do Estado de São Paulo.

As ações da CRH são voltadas para o público interno e orientadas, conceitualmente, por uma política de gestão de pessoas que engloba: os sistemas de trabalho ; capacitação e desenvolvimento das pessoas que trabalham na SES; e qualidade de vida para a força de trabalho tanto no seu ambiente laboral como fora dele. Para garantir o desempenho dos processos de gestão de pessoas, a CRH tem em sua estrutura três departamentos: Grupo de Apoio ao Desenvolvimento Institucional, Grupo de Desenvolvimento de Recursos Humanos e o Grupo de Gestão de Pessoas.